Con l’avvento degli Aragonesi nel Regno di Napoli, la pratica economica della transumanza del bestiame è nuovamente regolamentata grazie al ripristino e alla delimitazione dei Regi Tratturi che percorrono le antiche terre del Sannio e della Capitanata. Con la ripresa delle economie agropastorali in epoca moderna, Saepinum vive una nuova fase edilizia e le persone tornano lentamente ad abitare luoghi da tempo in rovina. Sulle preesistenze di epoca romana, salariati stagionali e coloni stabili realizzano abitazioni rurali e stalle per animali sfruttando i materiali recuperati dalle strutture antiche. Nelle case rurali è possibile riconoscere i segni di questo recente passato: cantine, cucine e forni per la cottura e il riscaldamento, rimesse per le derrate, stalle, pozzi per l’acqua, fontanili e abbeveratoi hanno mantenuto le caratteristiche proprie della vita agreste ed evocano alla mente pratiche e gesti antichi appartenenti alla civiltà contadina.